Question

一年多来，我一直害怕更新我的R版本，因为害怕丢失“rgdal”软件包......当我第一次开始在我的Mac上使用R时（可能还是？），必须从源代码安装/无法通过R内部的软件包安装程序安装。这很复杂，我不得不寻求一个比我更有经验的R用户的帮助，以获得对我来说至关重要的软件包。

但我终于决定我需要承担风险并更新R.我使用了以下说明：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

在新版本中跟着这个：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)

在这篇文章中找到：

Painless way to install a new version of R?

这似乎有效（例如我可以打开未包含在基本安装中的库...包括rgdal）但我有以下问题以便更好地理解这一整体过程：

1）在这种方法中，我基本上保存了我之前在旧版本中安装的所有R软件包的列表，然后（从新版本中）确定了与之不同的软件包的SET新版本中的基础库集合并告诉R安装属于这个SET的软件包？

2）如果上述情况属实，那么这种方法是否会消除更新我的包之后的需要（例如，通过在新版本中安装它们，安装了最新版本）？

3）另一种似乎很常见的方法（在上面的帖子的一个回复中建议）是设置东西，以便所有包保存到R之外的目录然后更改设置（在.Renviron文件或任何适当的文件中）总是在这个外部目录中查找包...我想知道为什么这种方法受到某些人的青睐？是因为这种方法意味着在更新R后，一切都准备就绪（例如，如果有人愿意使用未更新的软件包）？我很困惑，因为如果在安装新版本的R之后仍然需要使用update.packages（），这不仅仅或多或少等于重新安装它们吗？有什么好处？

4）如果我去安装路线（而不是保存到外部目录然后更新路由），是否需要担心包？ R确实给了我一个警告，表明我的四个软件包不适用于最新版本（R. 3.0.3）。我假设如果我需要使用这些软件包，我必须暂时恢复到R的旧版本。这一切都正确吗？

提前感谢您的帮助！

Answer 1

1）是的。

2）新安装的软件包将是最新版本，但之后运行update.packages(ask=FALSE, checkBuilt=TRUE)并没有什么害处，只要确保一切都是最新的。

3）我没有看到有人建议这种特殊的方法，尽管在R for Windows FAQ中建议了一个类似的过程，包括1）安装新版本2）从旧的库文件夹中复制包版本到新版本的库文件夹，2）运行update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)。我认为这样做与installed.packages() ...方式相比没有任何明显的优势。

4）所讨论的所有方法仅限于CRAN包，因此您不会涵盖从bioconductor安装的内容。从CRAN中删除的软件包也不会被覆盖，您将不得不使用旧版本的R或者手动安装和安装它们。

在mac上更新R（并保留包）的不同方法需要澄清

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