Question

所以这就是事情：

我正在尝试安装R软件包（“Zinba”），我正在使用OS X Mavericks 10.9.1，我在R CMD INSTALL中收到以下错误：

* installing to library ‘/usr/local/Cellar/r/3.0.2/R.framework/Versions/3.0/Resources/library’
* installing *source* package ‘zinba’ ...
** libs
clang -I/usr/local/Cellar/r/3.0.2/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fPIC   -c aliType.c -o aliType.o
clang++ -I/usr/local/Cellar/r/3.0.2/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fPIC  -g -O2  -c alignAdjust.cc -o alignAdjust.o
clang++ -I/usr/local/Cellar/r/3.0.2/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fPIC  -g -O2  -c analysis.cc -o analysis.o
In file included from analysis.cc:18:
./analysis.h:10:10: fatal error: 'ext/slist' file not found
#include <ext/slist>
     ^
1 error generated.
make: *** [analysis.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘zinba’
* removing ‘/usr/local/Cellar/r/3.0.2/R.framework/Versions/3.0/Resources/library/zinba’

我搜索了这个错误，看起来Mavericks中的XCode默认使用libc ++而不是libstdc ++，建议使用“-stdlib = libstdc ++”进行编译

现在这是第三方R套餐。任何人都可以建议如何使用libstdc ++编译这个包。我也在机器上找了这个库，但我找不到它。

感谢。

Answer 1

在REPL中，您可以使用withr::with_makevars在安装期间临时定义环境变量：

library(withr)

with_makevars(c(CXXFLAGS = "-stdlib=libstdc++"),
              install.packages("zinba", repos = NULL, type = "source"))

在幕后，它会使用您提供的代码创建一个临时文件，将环境变量R_MAKEVARS_USER设置为指向它，然后在完成后恢复默认值。

使用libstdc ++安装R包

1 个答案: