无法使用大矩阵运行r package mixOmics函数

时间:2014-03-05 14:16:34

标签: r correlation large-data

mixOmics软件包用于分析大数据集(例如来自高吞吐量实验),但似乎无法使用我的大矩阵。

我遇到了rcc(正则化规范相关)和tune.rcc(正则化参数的labmda参数估计)的问题。

> str(Y)
 num [1:13, 1:17766] ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
 ..$ : chr [1:13] ...
 ..$ : chr [1:17766] ...

> str(X)
 num [1:13, 1:26] ...
 - attr(*, "dimnames")=List of 2
 ..$ : chr [1:13] ...
 ..$ : chr [1:26] ...

tune.rcc(X, Y, grid1 = seq(0.001, 1, length = 5),
               grid2 = seq(0.001, 1, length = 5),
               validation = "loo", plt=F)

On Mavericks:永远奔跑(我在下班后退出R)

因为我知道Mavericks存在问题,所以我在Windows8机器和mixOmics网络界面上尝试过它。

在Windows 8上:

Error: cannot allocate vector of size 2.4 Gb

在网络界面上,由于无法估计lambdas(tune.rcc),我尝试使用“some”lambdas rcc并获取:

Error: cannot allocate vector of size 2.4 Gb

我做错了什么吗? 非常感谢任何帮助。

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