Question

我使用SLURM资源管理软件在群集上使用OpenMPI运行我的可执行文件。我想找到一种方法来指定应该为每个节点分配多少和哪些进程，其中每个节点的进程数可能不同。

澄清我要找的内容的一个例子：假设我想在3个节点上运行7个进程。然后我希望能够说出类似的话：节点1应该运行具有秩n的进程，节点2和3应该运行其余3个进程。

我不关心哪个物理节点是节点1，因为我正在使用的集群上的所有节点都相同。此外，我不知道先前我将由SLURM分配哪些节点，因此我无法在主机文件中对节点的名称进行硬编码。我找到的OpenMPI文档中的一个示例将为我的示例定义这样的主机文件：

aa slots=1
bb slots=3
cc slots=3

但这种方法存在两个问题：

我不知道节点的名称aa，bb，cc。
即使我知道它们，节点aa上的过程也不一定具有正确的等级。

Answer 1

感谢Hristo Iliev的评论，我找到了问题中所述示例的解决方案：

#!/bin/bash 

HOSTFILE=./myHostfile
RANKFILE=./myRankfile

# Write the names of the nodes allocated by SLURM to a file
scontrol show hostname ${SLURM_NODELIST} > $HOSTFILE

# Number of processes
numProcs=7

# Number of nodes
numNodes=${SLURM_JOB_NUM_NODES}

# Counts the number of processes already assigned
count=0

while read p; do
  # Write the node names to a rank file
  if [ $count == 0 ]
  then
    echo "rank $count=$p slot=0-7" > $RANKFILE
    let count=$count+1
    let numNodes=$numNodes-1 # Number of nodes that are still available
  else
    # Compute the number of processes that should be assigned to this node
    # by dividing the number of processes that still need to be assigned by 
    # the number of nodes that are still available. (This automatically "floor"s the result.)
    let numProcsNode=($numProcs-$count)/$numNodes
    for i in `seq 1 $numProcsNode`
    do
        echo "rank $count=$p slot=0-7" >> $RANKFILE
        let count=$count+1
    done
    let numNodes=$numNodes-1 # Number of nodes that are still available
  fi
done < $HOSTFILE

mpirun --display-map -np $numProcs -rf $RANKFILE hostname

虽然有点难看。并且“slot = 0-7”可能不应该使用“7”硬编码。

使用OpenMPI在节点之间进行非均匀的进程分发

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