Question

我对R包"rgexf"有疑问。特别是，我有一个问题，我导入到Gephi的网络的边缘。在R中，我可以生成顶点数据库

>vertices
   Id Label
1   1     1
2   2     2
3   3     3
4   4     4
5   5     5
6   6     6
7   7     7
8   8     8
9   9     9
10 10    10

和边缘数据库（准确的单边）

>edges 
      Source Target
    1      5      9

我使用

创建一个.gexf文件

  >write.gexf(output = path_gexf, nodes = vertices, edges = edges,  defaultedgetype = "undirected")

其中path_gexf只是输出文件的路径（称为example.gexf）我使用Gephi（版本0.8.2 beta）打开example.gexf。在图1中： enter image description here

你可以在Gephi中看到导入报告：顶点和边的数量是正确的;我手动将图表类型更改为无向，并将所有数据导入Data Laboratory窗口。

问题1 。 如果我已经在write.gexf函数中执行了这个操作，为什么我应该在导入报告窗口中指定“无向”？

在image2中

enter image description here

您可以看到，导入后，图表类型会自动切换为“定向”，实际上不会导入任何边缘。

在图片3中

enter image description here

我们有顶点列表：一切都很好。正确导入标签和标识。在图像4

enter image description here

您可以看到数据实验室窗口的边缘：没有导入边缘，如图2中所示。我真的不明白为什么没有导入边缘。

问题2.如何更正example.gexf文件的导入？在R代码级别，所有都是平滑的，并且我的代码正确生成顶点/边。 Gephi出现问题。

备注：我有很多.gexf文件，有关边缘导入的问题;在许多情况下，只有少数边缘导入了不正确的“源”和“目标”。奇怪的是，平行边缘总是根据其多重性正确计算。

我为长篇大论道歉。

编辑：使用虚拟R代码的一些测试

我使用@James Tobin的代码进行了一些测试（谢谢！）。它也适用于我的电脑。我用带有2条边的图进行了测试：测试都没问题。然后我使用

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,2),c(1,1,3)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
           defaultedgetype = "undirected")

和

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,4,2),c(2,3,1,2)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
           defaultedgetype = "undirected")

在这两种情况下，XLM代码都是正确的w.r.t.节点和边缘ID，标签，来源和目标。

问题在哪里？在3边缘的情况下，Gephi中的导入报告是正确的，而数据实验室边缘窗口没有显示边缘

<edge id="1" source="1" target="1" weight="1.0"/>

在4边缘的情况下边缘

 <edge id="0" source="5" target="2" weight="1.0"/>

。

我开始相信Gephi 0.8.2中存在一个错误，而不是我的代码中的错误。

有任何建议/评论吗？

Answer 1

问题1：即使您已经将图表指定为gexf文件中的无向图，但默认是定向的，虽然点击它有点烦人，至少它不是那么大的交易。从安全角度来看，更容易让用户仔细检查他们导入的图表类型，而不是错误地选择。这需要2秒钟，而不是那么大的交易。

问题2：我复制了你的例子

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(5,9))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(output='testgex.gexf',nodes=vertices,edges=edges,
          defaultedgetype = "undirected")

但边缘没有任何问题。 enter image description here

也许您可以包含失败的确切代码？也许你的边缘不是data.frame形式？只是猜测，因为我无法复制你的错误。

R＆amp; Gephi：使用rgexf包未正确导入网络中的边缘

1 个答案: