Question

当我们这样做时，Bio.Phylo中有一些我不理解的东西：

from Bio import Phylo
tree = Phylo.read("my_tree","newick")
tree_plot = Phylo.draw(tree)

编辑：

$ cat my_tree
(((A,B),C),D)

tree_plot是Nonetype，因为Phylo.draw（）不返回任何内容。 source code的最后两行是：

    if do_show:
        plt.show()

我想与树交互，并在一些树叶前添加一个点。所以我在最后一行的计算机上添加了源代码：

    if do_show:
        plt.show()
    return axes

现在，我在开头写的那段代码，我在tree_plot：

In [1]: type(tree_plot)
Out[1]: matplotlib.axes.AxesSubplot

我现在能够从树中访问数据，例如：

In [2]: tree_plot.texts
Out[2]: [<matplotlib.text.Text at 0x114d02710>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d02990>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d02ed0>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d00cd0>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d3c410>,
<matplotlib.text.Text at 0x114d3cb10>]

或用以下内容绘制一条线：

tree_plot.plot(range(10))

依此类推任何其他的轴.AxesSubplot方法。

我的问题是：

为什么return函数中没有Phylo.draw()语句？如果它是有目的的，为什么以及如何在同一轴上绘制东西？

我正在使用

python 2.7.3
matplotlib 1.3.0
Biopython 1.63

由于

Answer 1

为什么他们不返回您必须询问开发人员的数字（或者可能会建议更改）。但是，解决这个问题非常容易：

首先确保您在交互模式下matplotlib：

from matplotlib import pyplot as plt
plt.ion()

然后运行你的：

Phylo.draw(tree)

之后，如果您只想要ax，请添加一些文字

ax = plt.gca()
ax.text(1, 4, "Hello World")
plt.show()

或者，如果您希望整个数字使用plt.gcf()。请务必plt.show()查看您的更新。

Biopython Phylo.draw（）：为什么不返回轴实例？

我的问题是：

1 个答案: