计算不同范围的几个光栅文件的中位数

Question

我对R很新，我遇到了一个问题，到目前为止我找不到解决方案。 我有一个1000个光栅文件的文件夹。我必须得到每个细胞的所有栅格的中位数。

文件包含NoData Cells（我认为它们有不同的范围） 是否有任何解决方案循环文件夹，将所有文件加在一起获得中位数？

Error in rep(value, times = ncell(x)) : invalid 'times' argument
In addition: Warning message:
In setValues(x, rep(value, times = ncell(x))) : NAs introduced by coercion
Error in .local(x, i, j, ..., value) : 
  cannot replace values on this raster (it is too large

我尝试使用光栅堆栈，但由于范围不同，它无法正常工作 谢谢你的帮助。

Answer 1

我会尝试通过mosaic()处理具有不同范围和来源但分辨率相同的图像。

创建一些rasterLayer对象并将其导出（以读取后者）

library('raster')
library('rgdal')

e1 <- extent(0,10,0,10)
r1 <- raster(e1)
res(r1) <- 0.5
r1[] <- runif(400, min = 0, max = 1)
#plot(r1)

e2 <- extent(5,15,5,15)
r2 <- raster(e2)
res(r2) <- 0.5
r2[] <- rnorm(400, 5, 1)
#plot(r2)

e3 <- extent(18,40,18,40)
r3 <- raster(e3)
res(r3) <- 0.5
r3[] <- rnorm(1936, 12, 1)
#plot(r3)

# Write them out
wdata <- '../Stackoverflow/21876858' # your local folder
writeRaster(r1, file.path(wdata, 'r1.tif'),
            overwrite = TRUE)
writeRaster(r2,file.path(wdata, 'r2.tif'),
            overwrite = TRUE)
writeRaster(r3,file.path(wdata, 'r3.tif'),
            overwrite = TRUE)

使用功能

读取和镶嵌

由于raster :: mosaic不接受rasterStack / rasterBrick或rasterLayers列表，因此最好的方法是使用do.call，如this excellent example。

为此，请调整马赛克签名以及如何使用以下方法调用其参数：

setMethod('mosaic', signature(x='list', y='missing'), 
          function(x, y, fun, tolerance=0.05, filename=""){
            stopifnot(missing(y))
            args <- x
            if (!missing(fun)) args$fun <- fun
            if (!missing(tolerance)) args$tolerance<- tolerance
            if (!missing(filename)) args$filename<- filename
            do.call(mosaic, args)
          })

让我们在这里保持低容，以评估我们功能的任何不当行为。

最后，功能：

马赛克功能

f.Mosaic <- function(x=x, func = median){
  files <- list.files(file.path(wdata), all.files = F)
  # List  TIF files at wdata folder
  ltif <- grep(".tif$", files, ignore.case = TRUE, value = TRUE) 
  #lext <- list()
  #1rt <- raster(file.path(wdata, i),
  #            package = "raster", varname = fname, dataType = 'FLT4S')
  # Give an extent area here (you can read it from your first tif or define manually)
  uext <- extent(c(0, 100, 0, 100)) 
  # Get Total Extent Area
  stkl <- list()
  for(i in 1:length(ltif)){
    x <- raster(file.path(wdata, ltif[i]),
                package = "raster", varname = fname, dataType = 'FLT4S')
    xext <- extent(x)
    uext <- union(uext, xext)
    stkl[[i]] <- x
  }
  # Global Area empty rasterLayer
  rt <- raster(uext)
  res(rt) <- 0.5
  rt[] <- NA
  # Merge each rasterLayer to Global Extent area
  stck <- list()
  for(i in 1:length(stkl)){
    merged.r <- merge(stkl[[i]], rt,  tolerance = 1e+6)
    #merged.r <- reclassify(merged.r, matrix(c(NA, 0), nrow = 1))
    stck[[i]] <- merged.r
  }
  # Mosaic with Median
  mosaic.r <- raster::mosaic(stck, fun = func) # using median
  mosaic.r
}
# Run the function with func = median
mosaiced <- f.Mosaic(x, func = median)
# Plot it
plot(mosaiced)

可能远离最佳方法，但希望它有所帮助。