Question

我有一个简单的C ++程序，我可以在我的Mac（Mavericks）上使用clang++成功构建，但在使用R CMD SHLIB构建并在R中加载dyn.load时失败。

这是使用Gurobi优化器的C ++代码（存储在simple.cpp中）：

#include "gurobi_c++.h"
#include <iostream>

void fxn() {
  GRBEnv env = GRBEnv();  // Create a Gurobi environment
  GRBModel colgen = GRBModel(env);  // Create empty model object
  colgen.addVar(0, 1, 0.0, GRB_BINARY);  // Add binary variable to model
  std::cout << "Hello world" << std::endl;
}

int main(int argc, char **argv) {
  fxn();
  return 0;
}

我可以使用clang++成功编译和运行此代码，链接到Gurobi库：

$ clang++ simple.cpp -I/Library/gurobi562/mac64/include \
  -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 -stdlib=libstdc++ \
  -lpthread -lm
$ ./a.out
Hello world

我能够使用R CMD SHLIB成功编译：

$ MAKEFLAGS="PKG_CXXFLAGS=-I/Library/gurobi562/mac64/include" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -fPIC  -mtune=core2 \
  -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

但是，dyn.load("simple.so")在R中失败：

Error in dyn.load("simple.so") : 
  unable to load shared object '[path]/simple.so':
  dlopen([path]/simple.so, 6): Symbol not found: __ZN8GRBModel6addVarEdddcNSt3__112basic_stringIcNS0_11char_traitsIcEENS0_9allocatorIcEEEE
  Referenced from: [path]/simple.so
  Expected in: flat namespace
 in [path]/simple.so

从c++filt，我可以看到缺少的符号是GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)，应由我正在链接的Gurobi库之一提供。

从之前的帖子中，我发现这些“未找到符号”错误通常只是因为没有链接正确的库而发生，但我已经能够成功编译并运行simple.cpp并且我正在通过与R CMD SHLIB相同的链接选项。

以下是我的~/.R/Makevars文件的内容：

CC=clang
CXX=clang++

编辑我认为问题可能与我在编译代码时使用的选项-stdlib=libstdc++有关。当我从第一个构建中删除此选项（clang++的工作调用）时，我得到的第一个链接器错误是：

Undefined symbols for architecture x86_64:
  "GRBModel::addVar(double, double, double, char, std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> >)", referenced from:
      _fxn in simple-pRHAEs.o

这是导致dyn.load失败的同一个未定义符号。

Answer 1

我解决了这个问题，结果与我如何将-stdlib=libstdc++提供给R CMD SHLIB有关。 R CMD SHLIB两次调用clang++，首先作为编译阶段来构建目标文件（在我的情况下为simple.o），然后将该文件链接到共享对象（simple.so in我的情况）。 R CMD SHLIB仅将-stdlib=libstdc++参数传递给第二次调用，但我们还需要它为clang++的第一次调用提供参数。我们可以将-stdlib=libstdc++添加到PKG_CXXFLAGS：

来完成此操作

$ PKG_CXXFLAGS="-I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++" R CMD SHLIB \
  simple.cpp -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm
clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG  \
  -I/usr/local/include   -I/Library/gurobi562/mac64/include -stdlib=libstdc++ \
  -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c simple.cpp -o simple.o
clang++ -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup \
  -single_module -multiply_defined suppress -L/usr/local/lib -L/usr/local/lib \
  -o simple.so simple.o -L/Library/gurobi562/mac64/lib -lgurobi_c++ -lgurobi56 \
  -stdlib=libstdc++ -lpthread -lm -F/Library/Frameworks/R.framework/.. \
  -framework R -Wl,-framework -Wl,CoreFoundation

现在，dyn.load("simple.so")无错误地工作（虽然如@MartinMorgan和@JanvanderLaan所述，我需要使用extern "C"公开我的函数或实际上能够调用它们的替代方法来自R）。

Answer 2

R期待C链接，但您提供了C ++链接。一个解决方案是

#include <iostream>

extern "C" void fxn() {
    std::cout << "Hello world" << std::endl;
}

与

$ R --vanilla CMD SHLIB tmp.cpp && R --vanilla -e "dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')"
clang++ -I/home/mtmorgan/bin/R-devel/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -ggdb -O0 -c tmp.cpp -o tmp.o
clang++ -shared -L/usr/local/lib -o tmp.so tmp.o -L/home/mtmorgan/bin/R-devel/lib -lR
> dyn.load('tmp.so'); .C('fxn')
Hello world
list()

R dyn.load“找不到符号”错误，即使C ++代码构建正常

2 个答案: