Gnu与两个输入文件并行,没有生成所有输入源组合

时间:2014-02-04 11:00:40

标签: parallel-processing gnu-parallel

我有两个具有相同基本名称的文件,我想使用我的Ruby脚本进行解析,并且在一个只有一对文件的库中可以解析:

  

parallel -j 4“prodigal_pfam_merger.rb {1} {2}> {1} .final.gff”::: * .gff.parsed ::: * .domtblout.parsed

但鉴于Parallel将为您提供输入源的所有组合,这在处理多组文件时不起作用。我需要的只是与共享基本文件名的组合。 如果有可能删除两个扩展(2次{。}或{..}),那么我会这样做:

  

parallel -j 4“prodigal_pfam_merger.rb {} {..}。domtblout.parsed> {} .final.gff”::: * .gff.parsed

和是Ole Tange,我在看着你; - )

1 个答案:

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如果没有额外的文件,--xapply应该适合你吗?