我有一个脚本，它接受三个参数并运行如下：
myscript.sh input1.fa input2.fa out.txt
脚本从input1.fa和input2.fa读取一行，进行一些比较，并将结果写入out.txt。这两个输入需要具有相同的行数，并且out.txt在脚本完成后也将具有相同的行数。
是否可以使用GNU parallel对此进行并行化？
我并不关心输出与输入的顺序不同，但我需要将i input1.fa行i与input2.fa行进行比较output{#} 1}}。此外，如果我获得多个输出文件（例如cat）而不是一个 - 我只会split将它们放在一起，这是可以接受的。
我找到了this主题，但答案并不是我想要的。
我知道我可以xargs两个输入文件并使用{{1}}成对并行处理它们，但如果可能的话，我想在一行中执行此操作...
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如果您可以更改myscript.sh，那么它从管道中读取并写入管道即可：
paste input1.fa input2.fa | parallel --pipe myscript.sh > out.txt
所以在myscript中你需要从STDIN读取并在TAB上拆分以从input1和input2获取输入。