R ggplot2 / ezPlot：用误差条绘制每个协方差分位数的3x3 RM ANOVA设计

Question

首先，我的数据：

http://www.pastebin.ca/2599202（我希望这不会太不方便，因为我无法创建合适的示例数据）

我基本上需要的是一个类似我所做的情节here。

我为3个实验组绘制了针对time（连续因变量）的重复测量因子ias（x轴，3个水平）。我这样做了4次（对于我的特征量度MIHT，miht.binned，。25 - 1.00）的每个分位数。

我必须承认我并不是一名R专业人士而ggplot2手册对我来说只是一种矫枉过正。我使用ezPlot创建了情节（来自ezANOVA）并且只使用ggplot2进行了一些布局调整：

PlotIAS = ezPlot(                               
      data = MyData
      , dv = .(ias)
      , wid = .(id)
      , between = .(GROUP, miht.binned)
      , within = .(time)
      , x = .(time)
      , split = .(GROUP)
      , col   = .(miht.binned)
      , x_lab = 'time of measurement'
      , y_lab = 'IAS Score (Mean)'
      #, do_bars = FALSE
      , type = 3
    )


    PlotIAS = PlotIAS +  
      theme(
        panel.grid.major.y = element_line(colour = "gray80", size = NULL, linetype = NULL,  
                                          lineend = NULL)
        ,panel.grid.minor.y = element_line(colour = "gray90", size = NULL, linetype = NULL,
                                           lineend = NULL)
        ,panel.grid.major.x = element_blank()           
        ,panel.grid.minor.x = element_blank()
        ,legend.background = element_rect(fill = NULL, colour = "black") 

        ,panel.background = element_rect(fill = "white", colour = "white", size = NULL, 
                                         linetype = NULL)
      )

print(PlotIAS)

我没有找到有关ezPlot创建的这些错误栏的任何信息。对于每个点，它们似乎是相同的，并且可以使用bar_size =任意地重新定义长度。我只需要有SE或CI的错误栏。我不知道是否可以在我的基于ezPlot的代码中添加这些代码（以及如何？）或者如果必须为此创建一个完整的新ggplot对象（这对我来说是一个相当大的过度收费......）。非常感谢帮助。

Answer 1

我认为这接近你想要的东西：

ggplot(MyData, aes(x=time, y=ias, colour=GROUP, group=GROUP, 
                   linetype=GROUP, shape=GROUP)) + 
  facet_grid(~miht.binned) +
  stat_summary(fun.data="mean_cl_boot", geom="errorbar", conf.int=90) + 
    #alternatives:
    #stat_summary(fun.data="mean_cl_normal", geom="errorbar") + 
    #stat_summary(fun.data="mean_sdl", geom="errorbar") + 
  stat_summary(fun.y="mean", geom="point", size=2) + 
  stat_summary(fun.y="mean", geom="line") + 
  theme_bw()

有关这些错误栏的来源的详细信息，请参阅?mean_cl_boot等。 conf.int是CI级别。此外，将所有三种颜色，线型和形状映射到GROUP看起来都有点矫枉过正。你可能没有线型和形状。

让我补充说明

ggplot(MyData, aes(x=time, y=ias, fill=GROUP)) + facet_grid(~miht.binned) +
  geom_boxplot() + theme_bw()

实际上可能是一个更易于阅读的图（没有交叉/重叠线），同时保留了更多数据的特征（最小/最大，异常值）。