多重比较的选项素食阿多尼斯

Question

我正在使用adonis包中的vegan函数来确定几个不同因素之间社区（PCB同系物）的差异。我还决定使用simper子程序来评估哪些社区成员对观察到的差异贡献最大。有没有办法在simper函数中包含多个因子。我运行了这个adonis模型（见下文），这是我simper例程的代码（当前不起作用）。非常感谢。

#Adonis model
pcbtest3<-adonis(pcbcong~FISH_CLASS+REACH+BASIN,data=pcbcov,method="bray",permutations=999)
pcbcong=matrix of community dissimilarities
FISH_CLASS,REACH, BASIN are factors
#Simper
simp<-with(pcbcov, simper(pcbcong,(FISH_CLASS, BASIN, REACH)))

Answer 1

simper只能用于一个分组变量。

解决方法是使用interaction()从所有三个因素创建新的分组变量。

对此的解释会很尴尬（取决于你有多少因素水平）而且我根本不知道这是否有意义 - 所以要小心。