使用adonis比较两个距离矩阵

时间:2014-03-11 12:43:05

标签: r matrix vegan

我有2个两个相异矩阵。一个观察到的数据在111个站点之间进行比较,另一个用空模型生成。

我想使用adnois中的vegan函数来测试观察到的差异是否与null模型预期的差异显着不同。但是,adonis函数只会在公式的左侧使用一个相异矩阵。

有没有人知道如何对此测试进行建模?

由于

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

这个问题的答案是:

meanjac <- function(x) mean(vegdist(x, method='jaccard', diag=TRUE))
test <- oecosimu(x, nestfun=meanjac, method="r1", nsimul = 10^3, statistic='adonis')

通过一个函数得到jaccard相异矩阵的均值到oecosimu,然后使用'r1'方法通过随机改组二进制社区矩阵生成零社区矩阵,但根据观察到的占用情况分配物种占有的概率并将其与观察到的相异度矩阵进行比较。

感谢Jari指出我正确的方向......