Matlab中的快速DP（用于配置文件HMM的Viterbi）

Question

我在Matlab中使用viterbi logodds计算存在效率问题。

基本上我的问题是必须有嵌套循环，这会使代码大量减速。这是昂贵的部分：

for i=1:input_len
    for j=1:num_states
        v_m=emission_value+max_over_3_elements; %V_M
        v_i=max_over_2_elements; %V_I
        v_d=max_over_2_elements; %V_D
    end
end

我相信我不是第一个为配置文件HMM实施维特比的人，所以也许你有一些建议。我还看了一下Matlab自己的hmmviterbi，但没有任何启示（也使用嵌套循环）。我还测试了用一些原始操作替换max，但没有明显的差异（实际上有点慢）。

Answer 1

不幸的是，循环在Matlab中速度很慢（尽管在最近的版本中它会变得更好） - 我认为它不容易被矢量化/并行化，因为循环内的操作不是独立于其他迭代。

这对于MEX来说似乎是一项任务 - 在C语言中写这个并不是太多的工作，预期的加速可能非常大。