如何在Matlab中使hmmviterbi更快？

Question

我使用的代码会以数十亿次调用hmmviterbi，以进行长序列的发射（大约10000000个符号）以及每次调用时分别具有大的A和B概率矩阵。这使我的代码可以运行几天。

除了HMM工具箱提供的实施方式之外，还有其他实施方式可以运行得更快吗？

这里的函数被调用了数十万次：

function [ acc ] = fitness(A, B)
    hmm_states = hmmviterbi(testing_data.getsetData.seqs,A,B) ;
    c = hmm_states == testing_data.getsetData.states ;
    acc = ( sum(c(:) == 1) ) / size(hmm_states,2) ;
end

谢谢。