所以我有大约250个节点来自不同的来源，主要是系统发育树和来自数据库的其他数据。我正在尝试使用sigmajs实现可视化网络映射，并开始使用脚本编写xml。我无法理解的是x和y位置是如何计算的？ les_miserable可视化清楚地显示它是有序的，并且gexf文档没有说明我们应该如何计算x和y坐标。 使用三个节点修改位置并没有对这个问题有所了解，并且gephi网站似乎已经失败了。 如果有人可以解释如何在涉及4或5个簇的复杂网络图中计算x和y坐标，那将非常有用。
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x和y（以及z，如果你想要3D！）坐标是用“布局”计算的，ForceAtlas是这些布局之一。您可以在Gephi桌面版本中应用布局，也可以通过使用Gephi Toolkit Java库的Java程序进行编程：https://gephi.org/toolkit/
运行布局的示例：https://wiki.gephi.org/index.php/Toolkit_-_Layout_graph
然后，您可以以保留节点坐标的格式导出网络 - gexf格式是一个很好的格式。使用工具包将图形导出为gexf格式的脚本：https://wiki.gephi.org/index.php/Toolkit_-_Export_graph