Question

我正在使用networkx创建一个diGraph对象，用节点和边缘（包括几个特征）填充它，然后编写一个我用Gephi可视化的gefx文件。

import networkx as nx
dg = nx.DiGraph()
dg.add_node(attribute1, 2, etc...)
dg.add_edge(attribute1, 2, etc...)
nx.write_gexf("output.gexf")

此过程完美无缺。现在我需要为节点分配位置。我已经看到networkx可以某种方式（http://networkx.github.com/documentation/latest/examples/drawing/house_with_colors.html）并且我知道有一个gexf文件的viz标签（http://gexf.net/format/viz.html）。我有一个包含节点名称及其坐标的字典。有什么想把所有这些放在一起吗？

到目前为止，我的选择是读取已生成的gexf文件，查找节点并创建viz:position标记。

但是，它不是很有效，我想在添加节点时以某种方式直接进行。

Answer 1

节点数据可用作每个节点的Python字典。下面是一个示例，说明如何存储和操作GEXF节点的数据。

In [1]: import sys

In [2]: import urllib2

In [3]: import networkx as nx

In [4]: data = urllib2.urlopen('http://gexf.net/data/viz.gexf')

In [5]: G = nx.read_gexf(data)

In [6]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 40.109245, 'x': 15.783598, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [7]: G.node['a']['viz']['position']['x']=10

In [8]: G.node['a']['viz']['position']['y']=20

In [9]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 20, 'x': 10, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [10]: nx.write_gexf(G,sys.stdout)
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><gexf xmlns:ns0="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <graph defaultedgetype="undirected" mode="static">
    <nodes>
      <node id="a" label="glossy">
        <ns0:color b="66" g="173" r="239" />
        <ns0:size value="2.0375757" />
        <ns0:position x="10" y="20" z="0.0" />
      </node>
    </nodes>
    <edges />
  </graph>
</gexf>

使用networkx和gexf格式时的节点位置

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