Question

我想进入R并在shell脚本中加载一个库来进行一些分析但是我得到这样的错误

syntax error near unexpected token `GenomicRanges'

这是我的shell脚本（我在bash_profile中加载了R模块）

#$ -S /bin/bash

for sample in *.txt; do
       R # Enter R
       library(GenomicRanges) # Load library
       ## 
       do some analysis later
       ##
done

有没有办法可以在shell脚本中加载R库并运行一些分析？

Answer 1

使用heredoc表示法（<<）：

for sample in *.txt; do

R --no-save<<EOF
library(GenomicRanges)
read.table(file = "$sample", ...)
# some R code ...
....
EOF

done

请注意，在脚本内部，您可以引用其他shell变量，例如$sample。请小心使用反斜杠转义需要在R代码中的$的所有出现：\$。

在shell脚本中加载R库

1 个答案: