Question

我有数据矩阵流动：

> dim(data)
[1] 360  91

它的最后一列是因子（1,2,3，...，15），它代表了类。我想做分层聚类，但我不知道为图中不同类的点设置不同的颜色。我试过这个：

# assigning color code to data
data.df = data.frame(data[,1:90])
Color<-data[,91]
data.df$Color <- as.factor(Color)

data.norm <- as.data.frame(scale(data.df[,1:90]))

# clustering: 
  dist.euclid <- dist(data.norm, method="euclidean")
  hc.euclid.single <- hclust(dist.euclid, method="single")

png("HClust, Euclidean distance, Single Linkage.png")
  plot(hc.euclid.single,  main="HClust, Euclidean distance, Single Linkage" , col=data.df$Color)
  dev.off()

Answer 1

ape包有一些很好的树绘图功能。尝试这样的事情：

library(ape)
ph <- as.phylo(hc.euclid.single)    
plot(ph,  main="HClust, Euclidean distance, Single Linkage", tip.color=data.df$Color,
     direction = "downwards"))

如何在图层中为层次聚类设置颜色

1 个答案: