Question

我想为大约100个文件（subset_1到subset_100）运行此命令以进行主题分析并存储其各自的输出。我试图通过最初使用子进程来创建一个列表。建议我如何运行100个文件。

命令：

meme subset_*.fas -text -dna -mod anr -nmotifs 10 -w 8 -revcomp -maxsites 100 -bfile seqs.MEMEbkgr > subset_*.MEME

这是我正在尝试的python脚本：

import subprocess
m = ['meme', 'subset_%s.fas', '-text', '-dna', '-mod', 'anr', '-nmotifs', 
     '1', '-w', '8', '-revcomp' '-maxsites' '100' '-bfile' 'seqs.MEMEbkgr' 
      '>' 'subset_%s.MEME'] 
for i in range(2): 
   finder_out = open("subset_%s", "w") 
   finder_out.close() 
   subprocess.call('m')

Answer 1

#as example to be short enough
command = "meme subset_{filenum}.fas > subset_{filenum}.MEME"

for i in range(100):
    param={"filenum":i} #this is used to replace {filenum} with i in comnmand
                        #param is dict with string as key
    command_t=command.format(**param)
    print command_t
    subprocess.call(command_t,shell=True)

使用带有子进程的单个命令运行100个文件

1 个答案: