R heatmap.2键颜色

时间:2013-12-11 01:02:27

标签: r statistics bioinformatics heatmap

我正在使用heatmap.2创建一个热图,并对颜色键的比例有疑问。我已将log10应用于我的数据并具有一些负值。但是,颜色键在0到0.3之间缩放。这种规模来自哪里?

library(gplots)
scalewhitered <- colorRampPalette(c("white", "red"), space = "rgb")(255)
heatmap.2(as.matrix(log10_normalised),Rowv=T, Colv=F,scale="none",     trace="none",labRow=rownames(log10_normalised), col=scalewhitered, xlab="", ylab="", mar=c(10,10))

是否可以将所有0值设为白色,然后将非零数字(包括底片)显示为不同的红色阴影?非常感谢。

1 个答案:

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这里的想法是创建自己的色阶(基本上你必须定义颜色的范围)。您可以使用 RColorBrewer 包中的 colorRampPalette

http://cran.r-project.org/web/packages/RColorBrewer/

看看以下链接,他们找到了解决方法:

How to change heatmap.2 color range in R?