Question

我正在尝试使用SciPy的dgemm在Python中计算A * A.T，但是当A具有大的行维度（~50,000）并且我以F顺序传递矩阵时得到段错误。当然，得到的矩阵非常大，但是sgemm和传递给C阶的dgemm都有效，

>>> import numpy as np
>>> import scipy.linalg.blas
>>> A = np.ones((50000,100))
#sgemm works, A.T is in F-order
>>> C = scipy.linalg.blas.sgemm(alpha=1.0, a=A.T, b=A.T, trans_a=True);
#dgemm works, A is in C-order (slower)
>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A, b=A, trans_b=True); 
#dgemm segfaults when both are in F order
>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A.T, b=A.T, trans_a=True);
Segmentation fault (core dumped)

之前是否有人遇到此错误或有任何想法导致它？我使用的是Python 2.7.3，numpy 1.8.0和scipy 0.13.2。

编辑：FWIW，这是唯一产生错误的顺序。

>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A.T, b=A, trans_a=True, trans_b=True)
>>> C = scipy.linalg.blas.dgemm(alpha=1.0, a=A, b=A.T)

以上两点都成功了。

编辑：BLAS信息

blas_opt_info:
libraries = ['ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
library_dirs = ['/usr/lib/atlas-base']
define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
language = c
include_dirs = ['/usr/include/atlas']

Answer 1

调用Fortran时，不允许使用别名参数。我不确定这是不是你的问题，但可能是。

前两个BLAS调用不对参数进行别名，因为在调用fortran之前会生成临时数组。也就是说，分别由于dtype不匹配和C排序。

第三个BLAS调用别名参数。尝试使用b = A.copy（）。T代替。

dgemm segfaulting与scipy中的大F阶矩阵

1 个答案: