用于聚类相似序列的算法

时间:2010-01-08 20:13:15

标签: algorithm

假设您有一个类似序列的列表,例如

a a a a
a b a a a
x a a a a y
...

您想要检测所有这些序列的公共聚合,例如

x? a b? a a a y?

其中operator ?指定该元素是可选的。

你会使用什么算法?

3 个答案:

答案 0 :(得分:3)

查看生物信息学中使用的sequence alignment algorithms

更具体地说,因为您有一个列表multiple sequence alignmentViterbi algorithm应该这样做。

答案 1 :(得分:1)

我认为如果你将列表转换为后缀树,那么它将是非常简单的递归解决方案,但我不确定渐近复杂度

答案 2 :(得分:1)

您可能需要查看用于执行序列比对的smith-Waterman算法。