用于聚类相似序列的算法

Question

假设您有一个类似序列的列表，例如

a a a a
a b a a a
x a a a a y
...

您想要检测所有这些序列的公共聚合，例如

x? a b? a a a y?

其中operator ?指定该元素是可选的。

你会使用什么算法？

Answer 1

查看生物信息学中使用的sequence alignment algorithms。

更具体地说，因为您有一个列表multiple sequence alignment。 Viterbi algorithm应该这样做。

Answer 2

我认为如果你将列表转换为后缀树，那么它将是非常简单的递归解决方案，但我不确定渐近复杂度

Answer 3

您可能需要查看用于执行序列比对的smith-Waterman算法。