Question

我在ImageJ中用宏创建了多页tiff文件，我现在正尝试使用matlab打开它，但我只能访问第一帧。

这是imfinfo（文件名）的结果。因此，我得到

length(imfinfo(filename)) = 1

Filename: [1x129 char]
              FileModDate: '28-nov-2013 12:27:51'
                 FileSize: 6.7905e+09
                   Format: 'tif'
            FormatVersion: []
                    Width: 512
                   Height: 512
                 BitDepth: 8
                ColorType: 'grayscale'
          FormatSignature: [77 77 0 42]
                ByteOrder: 'big-endian'
           NewSubFileType: 0
            BitsPerSample: 8
              Compression: 'Uncompressed'
PhotometricInterpretation: 'BlackIsZero'
             StripOffsets: 932625
          SamplesPerPixel: 1
             RowsPerStrip: 512
          StripByteCounts: 262144
              XResolution: []
              YResolution: []
           ResolutionUnit: 'None'
                 Colormap: []
      PlanarConfiguration: 'Chunky'
                TileWidth: []
               TileLength: []
              TileOffsets: []
           TileByteCounts: []
              Orientation: 1
                FillOrder: 1
         GrayResponseUnit: 0.0100
           MaxSampleValue: 255
           MinSampleValue: 0
             Thresholding: 1
                   Offset: 8
         ImageDescription: 'ImageJ=1.47q
 images=25900
 slices=25900
 loop=false

但是如果我在ImageJ中打开相同的tif文件，那么我可以阅读并滚动浏览25900帧...奇怪的是，matlab可以读取我在imageJ中创建的前一个多页tiff而没有我的批处理宏...

我不明白发生了什么......任何帮助都将不胜感激！谢谢，史蒂芬

Answer 1

这实际上是ImageJ的错误。对于大型TIFF，BigTiff不是使用ImageJ标准来保存堆栈，而是使用包含第一帧的假TIFF标头保存原始文件，并愉快地将其命名为.tif。您可以与ImageJ开发人员讨论为什么他们认为这是一个好主意。

要将这些堆栈读入Matlab，您可以使用memmapfile或MappedTensor。

Answer 2

你必须遍历堆栈中的所有图像：

fname = 'my_file_with_lots_of_images.tif';
info = imfinfo(fname);
imageStack = [];
numberOfImages = length(info);
for k = 1:numberOfImages
    currentImage = imread(fname, k, 'Info', info);
    imageStack(:,:,k) = currentImage;
end

Matlab只打开多页tiff堆栈的第一帧

2 个答案: