Question

请考虑以下带有两个类别（“数字”和“字符”）顶点的图表：

library(igraph)
id <- c("1","2","A","B")
category <- c("digit","digit","char","char")
from <- c("1","1","2","A","A","B")
to <- c("2","A","A","B","1","2")

nodes <- cbind(id,category)
edges <- cbind(from,to)

g <- graph.data.frame(edges, directed=TRUE, vertices=nodes)

现在我想根据属性“category”收缩顶点：

category_attr <- get.vertex.attribute(g, "category")
map = setNames(c(1:2), c("digit","char"))
category_attr <- map[unlist(category_attr)]
igraph_category <- contract.vertices(g, category_attr)
print(get.data.frame(igraph_category, what="vertices"))
#             name
# c("1", "2") 1, 2
# c("A", "B") A, B

然而，我希望新图形的“id”和属性“name”成为缩小顶点的“类别”，并且还显示一个列，其中显示了缩小的顶点数。

总而言之，我想：

print(get.data.frame(igraph_category, what="vertices"))
#        name     frequency
# digit    digit    2
# char     char     2

Answer 1

首先，使用因子进行收缩实际上更容易。

对于您的问题，关键是在合并顶点时指定igraph应该对顶点属性执行的操作。如果您不希望保留原始名称，则可以删除它们，并指定应保留category属性。 first表示合并多个顶点时igraph只取第一个顶点的category属性。由于所有顶点合并为一个具有相同的category，因此这很好。

然后您可以在新图表中使用类别作为名称。

g2 <- contract.vertices(g, factor(V(g)$category),
                        vertex.attr.comb=list(category="first",
                          name="ignore"))
V(g2)$name <- V(g2)$category

在这种情况下，

g2将是一个多图形（或另一个术语中的非简单图形），它将包含类别之间的多个边缘，如果属于该属性的原始顶点之间存在多个边缘类别。您可以折叠多个边并获得频率作为边缘属性。

最简单的方法是使用边缘属性weight，因为这是默认情况下的总和结合边缘：

E(g2)$weight <- 1
g3 <- simplify(g2, remove.loops=FALSE)

str(g3, e=T)

# IGRAPH DNW- 2 4 -- 
# + attr: category (v/c), name (v/c), weight (e/n)
# + edges (vertex names) and their attributes:
#             edge weight
# [1] char ->char       1
# [2] char ->digit      2
# [3] digit->char       2
# [4] digit->digit      1

如何根据映射向量的名称和添加频率属性使用contract.vertices（）命名顶点

1 个答案: