Question

编辑：已解决

但我不确定如何...我尽可能多地移动到pylab而不是pyplot，实现了[here] [1]中描述的多处理方法，并且在那一点上它运行正常。然后，为了查明问题，我逐步颠倒了我的代码。但即使没有多处理，它也能继续工作，即使是使用pyplot等。只有当我取下fig.clf（）现在它不起作用，这是大多数人似乎经历的但最初不是我的问题。好吧也许是，也许clf（）声明不在正确的地方或什么的。谢谢！

编辑：问题仍未解决

这非常令人惊讶。我现在将我的savefig（）函数移动到外部模块中，我在执行脚本时导入该模块。这是功能：

def savethefig(fig,outpath,luname):
    plt.savefig(outpath+luname+'testredtarget.png',dpi=500)

所以现在我做了类似的事情：

from myfile import savethefig
fig = plt.figure()
ax1 = fig.add_subplot(311)
pftmap=zeros(shape=(1800,3600))*nan
    for i in range(len(pftspatialnames)):
       pftmap[indlat,indlon]=data[i,:]
       fig = pylab.gcf()
       a1=ax1.imshow(pftmap, interpolation='nearest',origin='upper', aspect='auto')
       savethefig(fig,outpath,luname)

我一步一步地逐步完成所有事情，当在外部函数中单击savefig（）函数时，RAM肯定会上升。增加约500MB。然后当回到主脚本时，该内存不会被释放。是不是外部功能应该清除一切？我错过了什么......

原始邮件：

我正在使用python EDP 7.3-2（32位）（python 2.7.3）。

我有一个程序可以进行一些计算，然后使用matplotlib将一些结果映射出来并保存图像。

这是一个非常大量的数据，如果我尝试映射并保存太多图像，我会达到内存限制。我不应该使用相同的数字，并且不要创建新的变量。我已经挣扎了一段时间，尝试了所有的数字清除/删除等解决方案，改变matplotlib使用的后端，但没有什么，每次代码点击savefig函数，它增加了大量的内存，并没有采取它晚了。

我远远不是内存中的专家（或顺便说一下python），但这是我使用模块对象运行的一次诊断尝试：

from numpy import *
import matplotlib
matplotlib.use('Agg')
from matplotlib.figure import Figure
from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg as FigureCanvas
from matplotlib import pyplot as plt

outpath = '/Users/yannick/Documents/outputs/'
pftspatialnames = ['forest','shrubs','grass']

Computations (not shown)

fig = plt.figure()
for i in range(len(pftspatialnames)):
   pftmap=zeros(shape=(1800,3600))*nan
   pftmap[indlat,indlon]=data[i,:]
   fig = pylab.gcf()
   ax1 = plt.subplot2grid((3,1),(0,0))
   a1=ax1.imshow(pftmap, interpolation='nearest',origin='upper', aspect='auto')
   del(pftmap)
   gc.collect()

   print 'MEMORY LEAK DETECTOR before figsave'
   objgraph.show_growth()

   plt.savefig(outpath+pftspatialnames[i]+'testredtarget.png', dpi=500)

   print 'MEMORY LEAK DETECTOR after figsave'
   objgraph.show_growth()

相当大的地图（其中有3个，3个子图，只是在这里显示了一个），但它处理得非常好。大约4个数字可以使记忆饱和。有些东西可能是多余的（例如删除pftmap），但我正在尝试清理一些内存。

以下是打印输出：

MEMORY LEAK DETECTOR before figsave
dict                6640     +2931
weakref             3218     +1678
instance            1440     +1118
tuple               3501      +939
function           12486      +915
Bbox                 229      +229
instancemethod       684      +171
Line2D               147      +147
TransformedBbox      115      +115
Path                 127      +114
MEMORY LEAK DETECTOR after figsave
dict                7188      +548
Path                 422      +295
weakref             3494      +276
instance            1679      +239
tuple               3703      +202
function           12670      +184
TransformedPath       87       +87
instancemethod       741       +57
Line2D               201       +54
FontProperties       147       +36

所以在调用savefig之前有很多新对象（这是正常的，我之前在代码中做了很多东西）。但是，然后通过调用savefig我们添加550 dict等。这可能是我的问题的根源吗？请注意，这是在我第一次调用savefig时发生的。任何后续调用都会执行以下操作：

MEMORY LEAK DETECTOR before figsave
MEMORY LEAK DETECTOR after figsave
tuple        3721        +6
dict         7206        +6
function    12679        +3
list         2001        +3
weakref      3503        +3
instance     1688        +3
Bbox          260        +3

但是记忆力仍在不断增长，很快就达到了内存限制。

非常感谢！

Answer 1

用Google搜索的轶事证据似乎表明执行了“matplotlib.pyplot.close”。在savefig之后将回收/释放与该图相关联的内存。有关所有调用选项，请参阅pyplot文档。

Answer 2

我忘了哪个堆栈溢出线程/网站我找到了这个解决方案，但直接使用图（而不是触及pyplot状态机）通常可以解决问题。所以：

fig = figure.Figure()
canvas = FigureCanvas(fig)
...
canvas.print_figure(outpath+pftspatialnames[i]+'testredtarget.png', dpi=500)

Answer 3

编辑：已解决

但我不确定如何...我尽可能多地移动到pylab而不是pyplot，实现了[here] [1]中描述的多处理方法，并且在那一点上它运行正常。然后，为了查明问题，我逐步颠倒了我的代码。但即使没有多处理，它也能继续工作，即使是使用pyplot等。只有当我取下fig.clf（）现在它不起作用，这是大多数人似乎经历的但最初不是我的问题。好吧也许是，也许clf（）声明不在正确的地方或什么的。谢谢

xPython savefig内存泄漏尚未解决以前提出的解决方案

3 个答案: