将R与PHP集成以对齐序列

Question

我是php和R的新手。 我的网页用户在html表单的文本区域输入dna或蛋白质序列。我想对齐这些序列，然后对它进行一些操作。 对于Aligning我用R编写了一个脚本并正确地在终端中运行它。 但是，当我从php调用它时，它不会运行。

R脚本：

args <- commandArgs(TRUE)
pure_seq <- args[1]
library(muscle)
muscle(seqs = pure_seq, out = "Align.fasta")
dev.off()\

和我的PHP代码来调用这个脚本：

exec( "C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\Rscript.exe  my_rscript.R" .$data); 

如何通过php和R运行对齐？

Answer 1

我注意到

的拼写错误

exec( "C:\Program Files\R\R-3.0.2\bin\Rscript.exe  my_rscript.R" .$data); 

而在r-bloggers引号是不同的

exec("Rscript my_rscript.R $N"). 

我希望这会解决它