我想编译以下程序,使fasta序列对齐,该程序可用于:
http://compbio.cs.princeton.edu/mems/
我已经下载了一个名为sparseMEM的zip文件并在Ubuntu Linux中下载了g ++,在创建的目录中有一个Makefile存档,所以我尝试用make编译。问题是我收到以下错误:
g++ -lpthread -O3 -DSIXTYFOURBITS mummer.o qsufsort.o sparseSA.o fasta.o -o mummer
mummer.o: In function `main':
mummer.cpp:(.text.startup+0x480): undefined reference to `pthread_create'
mummer.cpp:(.text.startup+0x4a8): undefined reference to `pthread_join'
sparseSA.o: In function `sparseSA::MEM(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::vector<match_t, std::allocator<match_t> >&, int, bool, int)':
sparseSA.cpp:(.text+0x3bbc): undefined reference to `pthread_create'
sparseSA.cpp:(.text+0x3be0): undefined reference to `pthread_join'
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [mummer] Error 1
我怎么能让它运行?
如果有人知道如何测试这个程序,那就太棒了
感谢
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对于Linux,您需要-pthread
而不是-lpthread
。