Question

现在我在群集上执行以下操作：

（i）qsub-X -I -l walltime = 60:00:00，nodes = 1：ppn = 8

（ii）提交具有以下内容的myjob（使用./myjob）

#!/bin/bash
i=1
nohup ./a.out $i 2 42 &
nohup ./a.out $i 43 60 &
nohup ./a.out $i 61 74 &
nohup ./a.out $i 75 85 &
i=-1
nohup ./a.out $i 2 42 &
nohup ./a.out $i 43 60 &
nohup ./a.out $i 61 74 &
nohup ./a.out $i 75 85 &

（iii）提交后我打开一个新连接，qsub使用（i）编辑myjob文件，即将i从{1，-1}更改为{2，-2}，并提交./myjob。

我从i = 1，-1到i = 20，-20重复这个。

有没有办法自动化这个？我花了一天时间（实际上超过一天）尝试使用作业数组，循环等来完成这项工作。应该有一种快速的方法来要求160个处理器并提交这份工作，或者让我们，人类，还没有进入计算的那个阶段？

任何帮助都非常高度，非常高兴。

PS - 是的，我知道我不是电脑巫师，请原谅我的无知。

Answer 1

这看起来像扭矩所以像下面的脚本应该做你想要的。基于以下假设：您的调度程序配置为专门为作业分配节点，并且您希望在8核心节点上使用所有核心。

#!/bin/bash
#PBS -l walltime=60:0:0
#PBS -t 1-8
#PBS -l nodes=1:ppn=8
i=${PBS_ARRAYID}
nohup ./a.out $i 2 42 &
nohup ./a.out $i 43 60 &
nohup ./a.out $i 61 74 &
nohup ./a.out $i 75 85 &
i=-${PBS_ARRAYID}
nohup ./a.out $i 2 42 &
nohup ./a.out $i 43 60 &
nohup ./a.out $i 61 74 &
nohup ./a.out $i 75 85 &
wait

如何创建一个作业脚本来自动化？

1 个答案: