Question

简单的问题是：如何找到data.frame中应用的位置产生错误？

详情如下：

我有一个数据框架，其中包含野生动物收集的动物的地理数据（纬度/经度）并存储在博物馆中。这些数据来自不同的来源（不同的博物馆和其他博物馆的列表）。动物可能在一个或多个来源中列出，有时我们对同一动物有不同的坐标 - 由于倒圆或拼写错误。我想要的是从每一行获得所有坐标 - 而不是NA - 并计算最大值减去最小值，从而具有误差的大小。小错误可能会被忽略，否则我将不得不检查它们。

我正在使用以下代码：

#ALL is my data.frame with thousands of lines and about 100 columns
#ALL$LatDif will receive the differences in the coordinates for each row
#cLat <- c(18,21,46,54,63,77,85) # the columns with Latitudes from each museum
ALL$LatDif <- apply(ALL,1,function(x) if (any(!is.na(x[cLat]))) {max(x[cLat],na.rm=T)-min(x[cLat],na.rm=T)} else {NA})

应该可以正常工作。但在某种程度上，它说：

Error in max(x[cLat], na.rm = T) - min(x[cLat], na.rm = T) : 
  non-numeric argument to binary operator

traceback（）给了我：

2: FUN(newX[, i], ...) at #1
1: apply(TUDO, 1, function(x) if (any(!is.na(x[cLat]))) {
       max(x[cLat], na.rm = T) - min(x[cLat], na.rm = T)
   } else {
       NA
   })

似乎中间有某些字符，但我无法找到。 is.character（）没有帮助我。使用a需要花费很长时间。有什么帮助吗？提前谢谢！

Answer 1

使用options(error=recover)。这将在遇到错误时启动浏览器会话，并且在该会话中，您可以看到它正在阻塞的变量。当recover要求您选择框架时，请选择最深的框架。然后输入x以查看哪个功能出现问题。

例如：

R> df <-data.frame(a=c('1', '2', '3', "stop('STOP')", '4'))
R> options(error=recover)
R> apply(df, 1, function(x) eval(parse(text=x)))
# Error in eval(expr, envir, enclos) : STOP
# 
# Enter a frame number, or 0 to exit   
# 
# 1: apply(df, 1, function(x) eval(parse(text = x)))
# 2: #1: FUN(newX[, i], ...)
# 3: #1: eval(parse(text = x))
# 4: eval(expr, envir, enclos)
# 
Selection: 4
# Called from: stop("STOP")
Browse[1]> x
#              a 
# "stop('STOP')"

Answer 2

查看str(ALL)或class(ALL[cLat])。我假设cLat引用的列将为character。但我无法确定，因为您没有提供任何可以重现问题的样本数据。

但是，假设我是对的，你可以通过这样做来理清有问题的值：

ALL[is.na(as.numeric(ALL[cLat])),]

R：如何找到apply产生错误的位置

2 个答案: