答案

Question

我有一个将数据结构拆分成块的脚本。使用扭矩作业阵列处理块，然后合并回单个结构。

合并操作取决于作业数组的完成情况。如何使合并操作等待扭矩作业阵列完成？

$ qsub --version
Version: 4.1.6

我的脚本如下：

# Splits the data structure and processes the chunks
qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G ./job.sh
# Merges the processed chunks back into a single structure
./merge.sh

我试过了：

qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G -N job1 ./job.sh
qsub -W depend=afterokarray:job1 ./merge.sh

还有：

qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G -N job1 ./job.sh
qsub -hold_jid job1 ./merge.sh

都没有奏效。前者导致错误[qsub：非法-W值]，后者也导致错误：qsub：脚本文件'job1'无法加载 - 没有这样的文件或目录。

Answer 1

的输出

qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G -N job1 ./job.sh

包含jobid。所以下面应该在bash中工作：

FIRST=`qsub first_1.sh`
qsub -W depend=afterok:$FIRST second_1.sh

Answer 2

答案

您应该使用afterokarray：

ID=$(qsub -t 1-100 -l nodes=1:ppn=40,walltime=48:00:00,vmem=120G -N job1 ./job.sh)
qsub -W depend=afterokarray:$(ID) ./merge.sh

另一个例子

这是另一个例子，假设您需要执行两次作业，然后执行另一个作业：

#!/bin/bash
#PBS -q batch
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -o /app/run/KLFLO/nueva_tarea_0.$PBS_ARRAYID.out
#PBS -e /app/run/KLFLO/nueva_tarea_0.$PBS_ARRAYID.err
#PBS -N KLFLO_nueva_tarea_0
#PBS -t 1-2 # times 
sleep 20
/bin/cat /etc/hosts

在另一个提交文件中执行qsub < nueva_tarea_2.bash他们使用（10 []。泊坞窗）

#!/bin/bash
#PBS -q batch
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -o /app/run/KLFLO/nueva_tarea_2.$PBS_ARRAYID.out
#PBS -e /app/run/KLFLO/nueva_tarea_2.$PBS_ARRAYID.err
#PBS -N KLFLO_nueva_tarea_2
#PBS -t 1-2 # times
#PBS -W depend=afterokarray:10[].docker
/bin/cat /etc/hosts

如何等待扭矩作业阵列完成

2 个答案:

答案

另一个例子