我有一个matlab脚本,可以使用扭矩作业数组处理大量数据。
我SSH的服务器缺少内存来加载数据,因此我需要将计算节点资源作为扭矩作业请求,如下所示:
qsub -I -V -l nodes=1:ppn=1,walltime=12:00:00,vmem=80G
然而,当我现在运行matlab脚本时,我无法提交扭矩作业数组请求。我得到的错误如下:
qsub: submit error (Job rejected by all possible destinations (check syntax, queue resources, ...))
给出的作业数组请求是:
qsub -t 1-$1 -l vmem=16G -l nodes=1:ppn=1,walltime=48:00:00 -v batchID=$2,batchDir=$3,funcName=$4 -e $5 -o $6 $HOME/scripts/job.sh
此命令在qsub会话之外正常工作,并且上述错误不是暂时的,因此我似乎无法在qsub会话中提交扭矩作业数组请求。
如何从计算节点获取必要的内存资源,同时还能提交扭矩作业数组的请求?
答案 0 :(得分:3)
群集可能不允许您从群集中的节点提交作业。您可能可以要求管理员更改此行为,或者您可以从第一份工作中搜索到头部并在那里运行qsub。
ssh head "qsub -t .........."