Question

我有一个普遍的问题，我认为归结为某种范围问题。

下面是一个使用biomaRt的getSequence（）函数的公式片段。用户输入自定义函数（1）基因名称，并可选择（2）导入上游的碱基对数。

# Load libraries
library(biomaRt)
# Let's make a custom "getSequence" function
getUpstream <- function(x, bp.upstream = 50){
    bp.upstream <- bp.upstream
    ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
    upstream.master <- NULL
    for(i in x){
        upstream.i <- getSequence(id = i,
            type = "hgnc_symbol",
            seqType = "coding_gene_flank",
            upstream = bp.upstream,
            mart = ensembl
        )
        upstream.master <- rbind(upstream.master, upstream.i)
    }
    return(upstream.master)
}

假设我使用此函数运行搜索而未指定上游的碱基对数，例如：

getUpstream("NOTCH4")

出乎意料的是，如果没有该行，该功能将无效：

bp.upstream <- bp.upstream

print（bb.upstream）等其他行也会使代码工作。

我认为在调用函数时会定义bp.upstream，因此一旦调用getSequence就会设置upstream = 50。谁能帮助我理解为什么不呢？

Answer 1

这是避免范围问题的解决方法。

# Load libraries
library(biomaRt)
# Let's make a custom "getSequence" function
 getUpstream <- function(x, bp.upstream = 50){
  ensembl <- useMart("ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl")
  upstream.master <- lapply(x, function(i,stream)
                         getSequence(id = i,
                              type = "hgnc_symbol",
                              seqType = "coding_gene_flank",
                              upstream = stream,
                              mart = ensembl),stream=bp.upstream)


  upstream.master
}

在使用biomaRt库的函数的上下文中调用变量时出现意外的结果

1 个答案: