Question

我刚开始学习使用命令行。希望这不是转储问题。

我的目录中有以下文件：

L001_R1_001.fastq 
L002_R2_001.fastq 
L004_R1_001.fastq 
L005_R2_001.fastq
L001_R2_001.fastq 
L003_R1_001.fastq 
L004_R2_001.fastq 
L006_R1_001.fastq
L002_R1_001.fastq 
L003_R2_001.fastq 
L005_R1_001.fastq 
L006_R2_001.fastq

你可以在文件名中看到，它是R1和R2的混合，L00之后的数字没有排序。

我想按文件名的顺序连接文件，分别为R1和R2文件连接文件。

如果我手动执行，它将如下所示：

# for R1 files
cat L001_R1_001.fastq L002_R1_001.fastq L003_R1_001.fastq L004_R1_001.fastq L005_R1_001.fastq L006_R1_001.fastq > R1.fastq


# for R2 files
cat L001_R2_001.fastq L002_R2_001.fastq L003_R2_001.fastq L004_R2_001.fastq L005_R2_001.fastq L006_R2_001.fastq > R2.fastq

你能帮我写一个我以后可以重复使用的脚本吗？谢谢！

Answer 1

cat `ls -- *_R1_*.fastq | sort` >R1.fastq
cat `ls -- *_R2_*.fastq | sort` >R2.fastq

大多数系统都不需要| sort，因为ls按名称对文件进行排序。

如果文件名包含空格，请先执行此操作：

IFS='
'

Answer 2

尝试使用通配符*。它将按字母顺序自动扩展文件名。

cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq
cat L*_R2_001.fastq > R2.fastq

编辑：

如果上述命令未提供所需的排序，请尝试使用Fredrik Pihl

提取的LC_ALL=C覆盖区域设置

LC_ALL=C cat L*_R1_001.fastq > R1.fastq

在命令Linux命令中连接文件

2 个答案: