替换列表组件中的元素

Question

在读取read.alignment（库seqinr）的对齐后，我有一个类对齐（secuen）的对象。它有四个组成部分，我感兴趣的是“nam”，它存储了secuences的名字。我还有一个带有两个变量的data.frame（samples），一个带有secuences的名称（它有比第一个对象更多的序列名称），每个序列的样本名称都属于。每当两个对象之间的序列mathc的名称时，我想用样本的名称替换序列的名称。我试过用grep，有些用于循环，但我无法得到它。 实施例

> sequen$nam #(length 3091)
"HZSC42M02F3H7C" "HZSC42M02F2MMT" "HZSC42M02F03D5"
> samples
 V1              V2   
HZSC42M02F3H7C sample_1
HZSC42M02F2MMT sample_2
HZSC42M02F03D5 sample_3

sequen$nam（长度3091）是一个向量（is.vector返回TRUE）和一个字符（is.character返回TRUE），但是{{1} }（长度61632）不是矢量也不是字符

我该怎么办？我正在与R

合作

Answer 1

最后我得到了解决方案，

使用macth查找两个文件中序列名称重合的列

test<-match(sequen$nam,samples$V1)

然后从一个文件中删除不重合的列并仅保留新名称

pre<-sample[test,] 
pre1<-pre[,2]

最后使用新的序列名称（pre1）和序列列表中的序列编写一个新的fasta文件。

write.fasta(sequences = sec$seq, names = pre1, nbchar = 478, file.out = "final_test.fasta")