如何在R中运行lmer的诊断图？

Question

我正在尝试在lmer型号上运行诊断图，但一直在撞墙。我不确定我需要提供多少信息，但是这里有：

模型很简单：

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine). 

MSV_mm是数字（snout-vent长度），Size_treat是4个级别的因素：连续，大，中和小。 Rep，Patch和Trap是随机效应。

当我运行plot(best)时，收到以下错误消息：

"Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

我认为这与lmer函数有关。我已经开网了，还没有找到这个问题的答案。它是lmer的东西吗？

Answer 1

我可以使用lme4.0重现此错误，这相当于CRAN的lme4早期版本（1.0.0之前版本）。如果您使用CRAN的最新lme4（截至2013年10月的版本1.0-4），则应该会发生这种情况：

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
plot(fm1)

虽然plot.merMod未导出，但会记录（?plot.merMod），您可以通过lme4:::plot.merMod（或getAnywhere("plot.merMod")）查看。

如果您想使用早期版本的lme4重现此情节，您可以执行以下操作：

augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1))
library(lattice)
xyplot(fitted~resid,data=augData)

您应该考虑是否需要偏差残差（默认来自residuals()）或Pearson残差（plot.merMod的默认值）。