在堆积密度图中转换每个因子的高度（ggplot2）

Question

我有一系列数据表明某种类型的DNA元素在基因组中活跃了多久。它可能看起来像这样：

data.df <- data.frame(name=c("type1", "type1", "type1", "type2", "type2", "type2"),
                      active=c(9,11,10,21,21,18))

因此，大约10年前有三个'type1'元素活跃，20年前有三个类型2元素活跃。

我使用ggplot2创建了一个堆积密度图，以获得每个元素何时处于活动状态的分布，如下所示：

ggplot(data.df, aes(x=active)) + geom_density(position="stack", aes(fill=name))

我有关于这些元素的相对丰度的信息，我想将每个元素密度的高度乘以该数字。这最终会给我这些元素在基因组中的实际丰富活动，而不仅仅是它们活动的分布。

所以我的问题可以归结为：我如何根据组来转换/乘以每个元素类型密度的高度？例如，如果我在基因组中有1000个第一类元素而只有3个第2类元素，那么堆积密度图将由类型1控制，并且您几乎看不到与类型2相关的曲线。

我希望这是有道理的。提前谢谢！

Answer 1

我不确定我是否正确理解了您的问题，但这是您想要的吗？

ggplot(data.df)
+geom_density(aes(x=active,y=..scaled..,fill=name),position="stack")

ggplot2下{p> stat_density的帮助说scaled给出了“密度估算值，最大值为1”。

或者，您也可以向wght添加权重列（例如data.frame），使用weight中的geom_density参数并忽略警告消息

data.df=data.frame(name=c("type1","type1","type1","type1","type1","type1","type2", "type2","type2"),active=c(1.1,1,1,1,1,1,17.1,17,17),stringsAsFactors =FALSE)
data.df=within(data.df,wght<-c(rep(1/6,6),rep(4/9,3)))

ggplot(data.df)+
geom_density(aes(x=active,y=(..density..),fill=name,weight=wght),position="stack")

但是，我并不完全知道geom_density如何处理不等于1的权重。