Question

我想知道是否有人知道如何从R中的glmmadmb输出中提取色散参数的估计值。我使用负二项式模型，并希望将此代码用于几个不同的物种而不用必须进入并为代码的其余部分手动提取此值。

这是我输出的一个例子：

  > summary(mod1)

       Call:
           glmmadmb(formula = species ~ (1 | year) + (1 | site), data = cs, 
           family = "nbinom2", link = "log")

        AIC: 8131.7 

       Coefficients:
        Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)    
        (Intercept)     4.05       0.19    21.3   <2e-16 ***
          ---
         Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

       Number of observations: total=798, year=53, site=15 
       Random effect variance(s):
       Group=year
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.1925 0.4388
       Group=site
                  Variance StdDev
       (Intercept)   0.4748  0.689

       Negative binomial dispersion parameter: 1.7211 (std. err.: 0.088936)

       Log-likelihood: -4061.86

我没有找到提取此值的函数。

提前谢谢！

Answer 1

glmmadmb的帮助页面，其中包括：

值：
 An object of class ‘"glmmadmb"’ representing the model fit,
 including (among others) components:

   b: vector of fixed effects

   S: covariance matrix of random effects
alpha：scale / overdispersion参数（负二项式，Gamma，测试版）

所以我认为mod1$alpha（或mod1[["alpha"]]如果你想要非常小心）应该得到你想要的东西。

如果文档不存在，您可以（1）按照@DWin的建议查看glmmADMB:::print.summary.glmmadmb的代码; （2）查看names(mod1)或str(mod1)，找到与您想要的作品相对应的模型对象。

可能应该有一个存取方法，但我不知道R中有一个一致的约定来提取模型的色散类型参数......

R - 从glmmadmb输出中提取过度离散参数

1 个答案: