使用sed,awk,cut替换任何以符号@开头的行

时间:2013-09-30 23:03:18

标签: bash awk sed cut fastq

这很简单,但我希望快速命令(最好使用sed,cut,awk或BASH中的某些东西)来执行此操作:

替换任何以符号@:

开头的行
@<text, on one line, including numbers, letters and colons>

@<text, on one line, including numbers, letters and colons>/1

@始终保持一致,<text, on one line, including numbers, letters and colons>更改。 (这是生物信息学家的Fastq格式)。

示例:

@HWI-D00193:58:H73UEADXX:1:1101:1516:2209 1:N:0:ATCACG

更改为

@HWI-D00193:58:H73UEADXX:1:1101:1516:2209 1:N:0:ATCACG/1

我知道这很简单。

2 个答案:

答案 0 :(得分:2)

使用sed,您可以执行以下操作:

sed "/^@/ s/$/\/1/g" file

这匹配以@开头的行,然后在所有匹配的行上附加(末尾的替换)/1

答案 1 :(得分:0)

使用awk

awk '/^@/ {$0=$0"/1"}1' file