Question

我不是最好的脚本编写者，遇到了一个你可以引导我的问题。我有两个文件。

（1）SYMBOL.txt（第1和第2列代表NAME和ID）

"UBA6"  "A0AVT1"
"NBAS"  "A2RRP1"
"GSAP"  "A4D1B5"
"GRID2IP"   "A4D2P6"
"TRAPPC13"  "A5PLN9"

（2）PAIR.txt（第1和第2列代表ID）

A0AVT1  P62988
P06400  Q14186
Q14186  P28749
Q6NUQ1  A2RRP1
O43264  A2RRP1

我需要将SYMBOL.txt与PAIR.txt匹配，并将IDs中的PAIR.txt替换为来自SYMBOL.txt的NAMES。

（1）我编写了一个简单的awk脚本来解决目的，但我需要将IDS替换为NA完全没有匹配的（实际上我无法做到这一点）。

（2）我将输入文件PAIR.txt修改为输出，但我需要一个单独的输出文件（在这种情况下说LL）。

我写过的剧本：

awk '{print $2 $1}' SYMBOL.txt \
    | sed 's/^/sed/g' \
    | sed 's/\""/\//g' \
    | sed 's/\"/\//g' \
    | sed 's/^sed/sed -i \"s/g' \
    | sed 's/$/g"/g' \
    | sed 's/$/ PAIR.txt/g' \
    | sh >LL

我需要的样本输出：

UBA6 NA
NA NA
NA NA
NA NBAS

任何建议请。

Answer 1

而不是使用sed来编写sed，这会为“PAIR.txt”中的每一行执行一个sed命令，我认为你＆＃39 ;再过一点awk会更好。这是使用数组来保存您的NAME和ID的一种方法。它使用三元运算将缺少的ID换成字符串＆＃34; NA＆＃34;。

awk 'FNR==NR {

    gsub(/"/,"");
    a[$2]=$1;

    next
}
{
    for (i=1;i<=NF;i++) {

        $i = ($i in a) ? a[$i] : "NA"
    }
}
1' SYMBOL.txt PAIR.txt

结果，使用您的输入：

UBA6 NA
NA NA
NA NA
NA NBAS
NA NBAS

根据匹配的字符串将SYMBOL中的SYMBOL替换为另一个文件中的SYMBOL

1 个答案: