在R中创建相关矩阵

Question

我有一个包含500行（二进制分数）和120列的矩阵的文件。该文件是一个0和1的简单矩阵。

>file

00010010101010
01001010100101
00101001010001
11110101001010

我正在编写一个函数，它使用特殊的相关公式来查找行之间的这种相关性。它需要两个向量行作为输入fn（row1，row2）。例如。 row1和row2并计算此特殊关联。

实施例

>fn(file[1,], file[2,])
>0.32

我能够为两行做到这一点但是如何为所有行创建500x500相关矩阵。有人可以帮忙吗？感谢。

Answer 1

试试这个：

corr.mat <- outer(seq_len(nrow(file)), seq_len(nrow(file)),
                  Vectorize(function(i, j) fn(file[i,], file[j,])))

如果这对您的需求来说太慢，可能会有更好的方法，但您必须展示fn应该做什么。

P.S。：file是R中函数的名称，你应该避免将它用于你自己的变量。