Question

我有这种类型的数据（所有大字母都是字符串）

>A|B|C|D|E|F
test test test
test test
>A|B|C|D|E|F
test test test
test

并想要删除C，D，E：

>A|B|F
test test test
test test
>A|B|F
test test test
test

在“测试”文本中，不会出现|。我已使用sed尝试了此操作，但我无法替换两个|之后的文本先感谢您。

Answer 1

Perl oneliner，

perl -F'\|' -lane 'print /\|/ ? join "|", @F[0,1,5] : $_' file

它将每一行拆分|个字符，并将值存储在@F数组中。如果行包含|，则它从@F获取元素0,1和5，否则保持原样。

Oneliner沮丧，

perl -MO=Deparse -F'\|' -lane 'print /\|/ ? join "|", @F[0,1,5] : $_' file
BEGIN { $/ = "\n"; $\ = "\n"; }         # -l switch makes print to add newline
LINE: while (defined($_ = <ARGV>)) {    # -n switch
    chomp $_;                           # -l switch chomps newlines
    our(@F) = split(/\|/, $_, 0);       # -a switch splits on value of -F switch
    print /\|/ ? join('|', @F[0, 1, 5]) : $_;
}

Answer 2

$ cat file
>A|B|C|D|E|F
test test test
test test
>A|B|C|D|E|F
test test test
test
>gene_8|GeneMark.hmm|322_aa|+|3803|4771TS28_contig03869
test test test
test test
$
$ sed -r 's/(([^|]+\|){2})(([^|]+\|){3})/\1/' file
>A|B|F
test test test
test test
>A|B|F
test test test
test
>gene_8|GeneMark.hmm|4771TS28_contig03869
test test test
test test

Answer 3

sed效果很好：

$ cat 1
>A|B|C|D|E|F
test test test
test test
>A|B|C|D|E|F
test test test
test
$ sed 's/C|D|E|//' 1
>A|B|F
test test test
test test
>A|B|F
test test test
test

<强>更新

$ sed  's/\([^|]|[^|]|\).*|/\1/' 1
>A|B|F
test test test
test test
>A|B|F
test test test
test

Answer 4

或许gawk适合此

awk --re-interval -F'|'\
      'NF > 4{$0=gensub(/^(([^|]*\|){2})([^|]*\|){3}(.*)$/, "\\1\\4", -1)};
      {print}' file

Answer 5

这应该这样做。 -i选项指定要就地编辑文件。

perl -i.bak -pe 's/\|[CDE]//g' file

或使用sed

sed -i.bak -re 's/\|[CDE]//g' file

Answer 6

awk工作正常：

awk '{sub(/C\|D\|E\|/,"")}1' file
>A|B|F
test test test
test test
>A|B|F
test test test
test

替换特定字符包围的文本

6 个答案: