如何使用matplotlib（45K * 446）绘制大矩阵的热图

Question

我正在尝试绘制一个大型微阵列数据集的热图（每446列45K行）。 使用matplotlib中的pcolor我无法做到，因为我的电脑很容易内存不足（超过8G）..

我更喜欢使用python / matplotlib而不是R来表达个人观点。 有效地绘制热图的方法吗？

由于

Answer 1

我通过将矩阵下采样到更小的矩阵来解决。 我决定尝试两种方法：

• 假设我想将45k行的矩阵下采样到1k行的矩阵，我每45行占一行
• 另一种方法是，将45k行下采样到1k行，将45k行分组为1k组（由45个相邻行组成），并将每组的平均值作为代表行

希望它有所帮助。