R：从hclust绘制较小的簇

Question

我有250个对象，我使用h <- hclust(distance.matrix, method = "single")来获取hclust个对象。如果我从h绘制树形图，它只是一团糟，因为有太多的对象，标签只是被挤压在一起。

假设我对特定群集

感兴趣

现在，我知道我们可以使用cutree通过指定所需的组数来将树（例如，由hclust产生的树）切割成若干组。

但是如何分别为R中那些较小的簇群获得树形图？

Answer 1

您可以将hclust对象转换为dendrogram并使用cut（有关详细信息，请参阅?cut.dendrogram）：

hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc)

## cut at height == 100
d <- cut(as.dendrogram(hc), h=100)
## cut returns a list of sub-dendrograms
d
#$upper
#'dendrogram' with 2 branches and 2 members total, at height 152.314 
#
#$lower
#$lower[[1]]
#'dendrogram' with 2 branches and 16 members total, at height 77.60502 

#$lower[[2]]
#'dendrogram' with 2 branches and 34 members total, at height 89.23209 

par(mfrow=c(1, 2))
plot(d$lower[[1]])
plot(d$lower[[2]])
par(mfrow=c(1, 1))