从stepAIC获取变量索引

Question

我在另一个基因子集上回归基因。然后我使用stepAIC来减少解释基因的数量。如何获取非省略变量的索引，以便我可以分析它们？

gene_subset=c(y=genes[,i], genes[,other_genes]);
reduced_model=stepAIC(y~.,data=gene_subset,trace=false);

Answer 1

这是我从r-help邮件列表中获得的一个解决方案，欢迎任何其他更有效的方法。

# create example data frame
y <- rnorm(30)
gene_subset <- data.frame(y, x1=rnorm(30), x2=rnorm(30), x3=100*y+rnorm(30))

# fit a full linear model
fit <- lm(y ~ ., df)

# reduce the model
reduced_model <- stepAIC(fit, trace=FALSE)

# NON-omitted variables (excluding the response)
keepx <- names(reduced_model$model)[-1]
index <- match(keepx, names(gene_subset))