Question

我有以下代码执行层次聚类和绘图他们在热图中。

set.seed(538)
# generate data
y <- matrix(rnorm(50), 10, 5, dimnames=list(paste("g", 1:10, sep=""),
paste("t", 1:5, sep="")))
# the actual data is much larger that the above

# perform hiearchical clustering and plot heatmap
test <- heatmap.2(y)

我想要做的是从每个层次结构中打印集群成员在情节中。我不确定这样做的好方法。

我试过了：

cutree(as.hclust(test$rowDendrogram), 1:dim(y)[1])

但在解释结果时遇到问题。矩阵中每个值的含义是什么？例如g9-9 = 8。 8这意味着什么？

    1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
g1  1 1 1 1 1 1 1 1 1  1
g2  1 2 2 2 2 2 2 2 2  2
g3  1 2 2 3 3 3 3 3 3  3
g4  1 2 2 2 2 2 2 2 2  4
g5  1 1 1 1 1 1 1 4 4  5
g6  1 2 3 4 4 4 4 5 5  6
g7  1 2 2 2 2 5 5 6 6  7
g8  1 2 3 4 5 6 6 7 7  8
g9  1 2 3 4 4 4 7 8 8  9
g10 1 2 3 4 5 6 6 7 9 10

非常感谢您的专业建议。

Answer 1

专栏j告诉您如果您想要g组，j应如何分组。

列1和10不是很有用，但列2可能就是一个很好的例子。它告诉你，如果你只想要两组，那么它们就是：

group1: {g1, g5}
group2: {g2, g3, g4, g6, g7, g8, g9, g10}

从hclust / heatmap.2解释'cutree'的结果

1 个答案: