Question

问题部分：

是否有“julia方式”来实现滑动窗口？
julia需要忽略NaN s？

有一个包含264个记录点（行）和200个时间点（列）的矩阵。我希望在10个样本窗口中得到每个记录点与每个其他点的中值相关性。

我通过创建一个3d 264x264x10矩阵尝试了这个matlab-way（tm），其中第三个dim是该窗口的相关性。在matlab中，我会像julia那样做median(cors,3) mean(cors,3)。但中位数并不支持这一点。看起来mapslices(median,cors,3)可能是我想要的，但有些记录点有NaN。在R中，我可能会查看na.omit()或函数选项，例如na.ignore=T但是我没有看到julia。

#oned=readdlm("10152_20111123_preproc_torque.1D")
oned=rand(200,264); oned[:,3]=NaN; oned[:,200]=NaN
windows=10
samplesPerWindow=size(oned,1)/windows
cors=zeros(size(oned,2),size(oned,2),windows)
for i=1:windows
 startat=(i-1)*windows+1
 endat=i*windows
 corofsamples=cor(oned[startat:i*windows,:])
 cors[:,:,i]= corofsamples
end
med = mapslices(median,cors,3) # fail b/c NaN

Answer 1

这是一种方法，它使用函数来封装任务的各个部分。通过创建忽略NaN的中值函数的专用版本，使用mapslices更容易：

function findcors(oned, windows)
    samplesPerWindow = size(oned, 1) / windows

    cors = zeros(size(oned, 2), size(oned, 2), windows)

    for i = 1:windows
        startat = (i - 1) * samplesPerWindow + 1
        endat = i * samplesPerWindow
        corofsamples = cor(oned[startat:endat, :])
        cors[:, :, i] = corofsamples
    end

    return cors
end

function nanmedian(A)
    cleanA = A[isfinite(A)]
    if isempty(cleanA)
        NaN
    else
        return median(cleanA)
    end
end

oned = rand(200, 264)
oned[:, 3] = NaN
oned[:, 200] = NaN

cors = findcors(oned, 10)

med = mapslices(nanmedian, cors, 3)

我相信您的原始代码在主循环中使用了错误的窗口长度。希望我已经解决了这个问题。

DataFrames包提供NA值和工具来忽略NA，但仍需要清理其median函数以利用这些工具。

滑动窗口矩阵相关的中值

1 个答案: