ggplot2避免绘制点

Question

我正在使用ggplot2创建一个点图。我的数据基本上是三列x_axis，y_axis和z_axis的形式，x_axis和y_axis一起表示一对，z_axis表示对数。

所以我正在绘制x_axis vs y_axis并使用z_axis为点着色。 在某些情况下，我想跳过绘制特定计数，例如：计数1出现多次，有时我想跳过绘图1，但图例应该显示1.以下是我的代码：

    > new<-read.table("PB1_combo.txt", header=T, sep="\t")
    > bp <-ggplot(data=new, aes(x_axis,y_axis, colour=factor(z_axis)), size=z_axis) +                                 
    geom_point(size=5)
    > bp + ggtitle("PB1-PB1")
    > last_plot()+ scale_colour_discrete(name="Counts")
    > last_plot()+ theme_bw()


  Sample data from PB1_combo.txt
  x_axis  y_axis  z_axis
    14      576     2
    394     652     2
    759     762     2
    473     762     2
    65      763     3
    114     390     2
    762     763     4
    758     762     2
    388     616     2
    217     750     2
    65      762     2
    473     763     2
    743     759     2
    65      213     2
    743     762     2

Answer 1

首先，您应该创建一个因子z_axis。这样，即使不存在所有可能的值，R也会意识到它们。

new$Count <- factor(new$z_axis)

（顺便说一下，你应该选择new以外的名字。）

然后，您可以只对您的数据进行分组，然后在调用drop=FALSE时使用scale_color_discrete显示图例中缺少的级别：

ggplot(data=new[new$Count!="2", ], aes(x_axis,y_axis, colour=Count), size=z_axis) +                                 
  geom_point(size=5) +
  ggtitle("PB1-PB1") +
  scale_colour_discrete(name="Counts", drop=FALSE) +
  theme_bw()

实际上请参见this question。