Question

我一直试图通过使用与stat_compare_means相关联的ggboxplot（）函数来绘制一系列箱图 - 使用stat_compare_means（） - 没有太大成功。当我不试图修正x轴和y轴的极限时，我能够绘制出我想要的一切。但是，我必须修复y轴的限制，以使我的箱形图在不同的区域/样本中具有可比性。当我确定这些限制时，我的情节的顶部被切断，我无法看到平均值比较＆＃39;显着性水平。

我用来生成箱图而不固定y轴限制的代码如下：

p1 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Bolivia"),], x = "Biome", y = 
"pH",
          color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
          palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p2 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Brazil"),], x = "Biome", y = 
"pH",
                color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
                palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p3 <- ggarrange(p1 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            p2 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            labels = c("Bolivia", "Brazil"),
            ncol = 2, nrow = 1)

这就是我一直试图修复y轴的方法。限制所以我可以对我的所有箱图都有相同的限制：

p1 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Bolivia"),], x = "Biome", y = 
"pH",
          color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
          palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p2 <- ggboxplot(temp3[which(temp3$Nucleus == "Brazil"),], x = "Biome", y = 
"pH",
                color = "Biome", add = "jitter", shape = "Biome",
                palette = c("springgreen4", "blue", "gray50"))
p1.1 <- ggpar(p1, ylim = c(3,9), ylab = "pH")
p2.1 <- ggpar(p2, ylim = c(3,9), ylab = "pH")
p3 <- ggarrange(p1.1 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            p2.1 + stat_compare_means(comparisons=my_comparisons),
            labels = c("Bolivia", "Brazil"),
            ncol = 2, nrow = 1)

使用ggarrange（）确实正确处理了轴，但现在我无法看到我在箱形图上的所有成对均值比较。我该怎么做才能解决这个问题？

非常感谢任何帮助。

谢谢，

佩德罗

ggboxplot - 未绘制图表的顶部

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