Question

我有成千上万的这样的文件，我想提取对应于原子['CG'，'CD1'，'CD2'，'CE1'，'CE2'的行的列6,7,8的值'，'CZ']，

ATOM      1  CG  TOLU    1      -0.437  -0.756   1.802  1.00  1.99      PRO0
ATOM      2  HG  TOLU    1      -0.689  -1.123   2.786  1.00  0.00      PRO0
ATOM      3  CD1 TOLU    1       0.041  -1.623   0.811  1.00  1.99      PRO0
ATOM      4  HD1 TOLU    1       0.331  -2.603   1.162  1.00  0.00      PRO0
ATOM      5  CD2 TOLU    1      -0.692   0.547   1.352  1.00  1.99      PRO0
ATOM      6  HD2 TOLU    1      -1.131   1.264   2.030  1.00  0.00      PRO0
ATOM      7  CE1 TOLU    1       0.246  -1.276  -0.504  1.00  1.99      PRO0
ATOM      8  HE1 TOLU    1       0.596  -2.073  -1.144  1.00  0.00      PRO0
ATOM      9  CE2 TOLU    1      -0.331   0.991   0.063  1.00  1.99      PRO0
ATOM     10  HE2 TOLU    1      -0.565   2.030  -0.117  1.00  0.00      PRO0
ATOM     11  CZ  TOLU    1       0.136   0.076  -0.919  1.00  1.99      PRO0
ATOM     12  CT  TOLU    1       0.561   0.474  -2.282  1.00  0.00      PRO0
ATOM     13  H11 TOLU    1       0.529  -0.410  -2.955  1.00  0.00      PRO0
ATOM     14  H12 TOLU    1       1.574   0.930  -2.294  1.00  0.00      PRO0
ATOM     15  H13 TOLU    1      -0.203   1.165  -2.699  1.00  0.00      PRO0
ATOM     16  CG  TOLU    2       5.140   1.762  -1.390  1.00  1.99      PRO0
ATOM     17  HG  TOLU    2       5.815   1.717  -2.231  1.00  0.00      PRO0
ATOM     18  CD1 TOLU    2       4.578   0.647  -0.862  1.00  1.99      PRO0
ATOM     19  HD1 TOLU    2       4.835  -0.329  -1.246  1.00  0.00      PRO0
ATOM     20  CD2 TOLU    2       4.786   3.044  -0.824  1.00  1.99      PRO0
ATOM     21  HD2 TOLU    2       5.184   3.982  -1.181  1.00  0.00      PRO0
ATOM     22  CE1 TOLU    2       3.734   0.667   0.248  1.00  1.99      PRO0
ATOM     23  HE1 TOLU    2       3.131  -0.167   0.574  1.00  0.00      PRO0
ATOM     24  CE2 TOLU    2       4.042   3.068   0.321  1.00  1.99      PRO0
ATOM     25  HE2 TOLU    2       3.753   3.969   0.841  1.00  0.00      PRO0
ATOM     26  CZ  TOLU    2       3.465   1.886   0.893  1.00  1.99      PRO0
ATOM     27  CT  TOLU    2       2.501   1.806   2.157  1.00  0.00      PRO0
ATOM     28  H11 TOLU    2       2.361   0.712   2.283  1.00  0.00      PRO0
ATOM     29  H12 TOLU    2       1.490   2.181   1.890  1.00  0.00      PRO0
ATOM     30  H13 TOLU    2       2.845   2.513   2.943  1.00  0.00      PRO0
TER
END

并注意到每个提到的原子都存在两行。因此，我认为两个带有12个键的词典最符合我的目标，比如这个

{1: {'CG':(0,0,0), 'CD1':(0,0,0), 'CD2':(0,0,0), 'CE1':(0,0,0), 'CE2':(0,0,0), 'CZ':(0,0,0)},
2: {'CG':(0,0,0), 'CD1':(0,0,0), 'CD2':(0,0,0), 'CE1':(0,0,0), 'CE2':(0,0,0), 'CZ':(0,0,0)}}

第一个键（1,2）指的是第5列。

你能告诉我一个强大的方法来读取文件并将每个元组值分配到字典中的正确位置吗？我可以用多个if条件来做，但我认为必须有更好的方法（也许有numpy）

Answer 1

解析文件的一种方法是numpy.genfromtxt()：

keys = set(['CG', 'CD1', 'CD2', 'CE1', 'CE2', 'CZ'])
data = numpy.genfromtxt("input", usecols=(2, 4, 5, 6, 7), 
                        dtype=["S3", "i", "d", "d", "d"], skip_footer=2)
data = [row for row in data if row[0] in keys]

在此之后，data将

[('CG', 1, -0.437, -0.756, 1.802),
 ('CD1', 1, 0.041, -1.623, 0.811),
 ('CD2', 1, -0.692, 0.547, 1.352),
 ('CE1', 1, 0.246, -1.276, -0.504),
 ('CE2', 1, -0.331, 0.991, 0.063),
 ('CZ', 1, 0.136, 0.076, -0.919),
 ('CG', 2, 5.14, 1.762, -1.39),
 ('CD1', 2, 4.578, 0.647, -0.862),
 ('CD2', 2, 4.786, 3.044, -0.824),
 ('CE1', 2, 3.734, 0.667, 0.248),
 ('CE2', 2, 4.042, 3.068, 0.321),
 ('CZ', 2, 3.465, 1.886, 0.893)]

将数据放在您现在需要的任何字典格式中都很容易。

Answer 2

这将完成工作：

atmlist = ['CG', 'CD1', 'CD2', 'CE1', 'CE2', 'CZ']
def Read_PDB(filename):
   coord={r:{k:(0,0,0) for k in atmlist} for r in [0,1]}
   try:
      f = open(filename, 'r')
   except IOError as err:
      print ("I/O error({0}): {1}".format(err.errno, err.strerror))
      quit()

   for line in f:
      for at in atmlist:
         if (line.find(at) == 13):
            line = line.strip()
            temp = line.split()
            crd = (float(temp[5]), float(temp[6]), float(temp[7]))
            coord[int(temp[4])-1][at] = crd;

   return coord`

Python（numpy）读取混合格式的文本文件

2 个答案: